Етап гаструляції — утворення осьових зачатків органів

Для зручності розгляду ходу гаструляції та її результатів у хордових весь процес умовно розділений на 2 етапи: рання та пізня гаструляція.

Протягом ранньої гаструляції спочатку єдиний пласт клітин бластули, реорганізовуючи будь-яким з наведених вище способів, утворює два шари: зовнішній шар клітин — епібласт (у нижчих хордових це ектодерма) і внутрішній — гіпобласт (у нижчих хордових це ентодерма). Таким чином, в результаті ранньої гаструляції формується двошаровий зародок і бластопор, а у ссавців і птахів, крім цього, ще й деякі позазародкові органи.

У ході пізньої гаструляції утворюється мезодерма і комплекс осьових органів, а також позазародкові органи. Після появи мезодерми і певних перетворень шари епіі гіпобласта починають називатися, відповідно, ектоі ентодермою.

Осьові органи — це хорда, нервова і кишкова трубки. Незалежно від виду тварини, ті клітини, які мігрують через область дорсальної губи бластопора, надалі перетворюються в хорду, а через область латеральних (бічних) губ бластопора — на третій зародковий листок — мезодерму.

Після утворення гаструли шляхом інвагінації відбувається подальший розвиток первинної ектодерми. У її спинній частині під нервовою трубкою відокремлюється клітинний тяж — хордальна пластинка. Після змикання її кінців вона набуває форми трубки — хорди.

Первинна ентодерма після виділення з її складу матеріалів майбутньої хорди і мезодерми називається вторинною, або кишковою ентодермою.

У вищих хордових тварин (птахи та ссавці) внаслідок імміграції клітин зародкового щитка, бластопор в ході гаструляції не формується. Клітини, які мігрували через дорсальну губу бластопора формують хорду — щільний клітинний тяж, розташований по середній лінії зародка між ектоі ентодермою. Під її впливом в зовнішньому зародковому листку починає формуватися нервова трубка і лише в останню чергу ентодерма утворює кишкову трубку.

Якщо гаструляція протікає шляхом інвагінації та делямінації (риби, рептилії) ентодерма відщеплюється від зародкового диска і між ектодермою і жовтком формується порожнина первинної кишки.

Хордомезодермальний зачаток спочатку входить до складу ентодерми, а потім після міграції розташовується між ектодермою і ентодермою. Середня частина мезодермалиюго зачатка — це матеріал майбутньої хорди, з боків від якої знаходиться матеріал мезодерми.

У випадку, коли гаструла формується шляхом делямінації (птахи) у зоні первинної смужки шляхом інвагінації формується хордомезодермальний зачаток, який росте у форму клина між ектота ентодермою.